FC Barcelona is in de loop van de jaren diverse malen in verband gebracht met doping. Zo zouden spelers van de voetbalclub op de lijst staan van de beruchte dokter Fuentes, maar dit is tot op heden niet hard bevestigd. Volgens Le Monde zou FC Barcelona tot twee maal toe Fuentes in vaste dienst hebben willen nemen (1996 en 2002) maar Fuentes zou dit hebben afgewezen. Een handgeschreven A4 tje zou bewijzen dat Barcelona een dopingschema had om te pieken voor de Champions League finale, die ook gewonnen werd. Later werd Le Monde veroordeeld tot een boete van 15000 euro ten aanzien van de beschuldigingen.
Op basis van de huidige en recente medische staf kunnen er echter genoeg vraagtekens worden gezet.
De trainer die de laatste jaren grote successen heeft geboekt – Josep Guardiola – is zelf vier maanden geschorst geweest vanwege een tweede positieve test op nandrolon bij Brescia in het najaar van 2001. Het dopingagentschap CONI trof bij Brescia-Piacenza en Lazio-Brescia in 2001 nadrolon aan. Guardiola ontkende nandrolongebruik en gaf vervuilde voedingssupplementen de schuld. Guardiola ging daarop naar de burgerlijke rechter, maar ook die veroordeelde hem, nu met zeven maanden (in 2005). In 2007 werd zijn schorsing alsnog teruggedraaid door het Hof van beroep van Brescia.
De toenmalige arts van Brescia, de Spaanse Ramon Segura is door Guardiola weer teruggehaald als de arts van FC Barcelona. Segura was ook al arts bij Barcelona onder Van Gaal (Mourinho als assistent) en Guardiola als aanvoerder. Segura stond bekend vanwege zijn pillencocktails (bron). Opvallend is dat Frank de Boer in mei 2001 ook op nadrolon is betrapt, terwijl hij speelde voor FC Barcelona met Segura als dokter. Ook hier werd de schuld aan voedingssuplementen gegeven.
Daarnaast wordt ook de voormalig en inmiddels geschorste arts Del Moral in verband gebracht met FC Barcelona. Op de site van Performa stond recent nog de vermelding dat hij medisch adviseur was van FC Barcelona en Valencia. Barcelona ontkend dat Moral op de loonlijst stond, maar kan niet ontkennen dat hij voor Barcelona ‘diensten’ heeft verleend.
Een Ierse journalist Hunter die Barcelona goed volgt liet blijken dat Xavi groeihormonen (zie geluidsopname) gebruikt, maar dat dit niet tegen de regels zou zijn.
Ook Messi heeft op jongere leeftijd groeihormonen gebruikt. Zijn toenmalige club River Plate kon de behandeling niet betalen. FC Barcelona wilde de behandeling voor zijn rekening genomen, op voorwaarde dat de toen dertienjarige Messi naar de Catalaanse club zou verhuizen.
Recent is ook oud Barcelona speler Deco gepakt op doping. De Portugees speelde van 2004-2008 bij Barcelona, daarna bij Chelsea en nu bij het Braziliaanse Fluminense. Hij won tweemaal de Champions League (Porto en Barcelona)