Peter Vergouwen presenteert zich op internet als succesdokter van Elite Sports Medicine. Zijn belangrijkste patiënten zijn/waren Sven Kramer, Ellen van Langen, Anky van Grunsven,Lornah Kiplagat, Gebreselasie, Bekele en vele anderen. Hij werkt ook met wielrenners waaronder Robert Gesink en Stef Clement. Hij is de vaste arts van de Atletiekunie en TVM.
Zijn eerste grote succes had hij als sportarts van Ria Stalman die 1984 het olympisch goud bij het discuswerpen won, mede omdat de Oost-Duitse ‘dames’ niet aanwezig waren in Los Angelos. Stalman kwam later echter in opspraak. In De Krant op Zondag verklaarde haar oud-trainingsgenote Jennifer Smit dat Stalman verboden anabole steroiden had gebruikt, daarnaast zou ze bij de Mexicaans/Amerikaanse grens gearresteerd zijn omdat ze 800 pillen van het hormoonpreparaat Winstrol in bezit had. Stalman heeft publiekelijk haar onschuld altijd volgehouden. Haar persoonlijke en Nederlandse record uit 1984 staat op 71,22 meter. In de laatste 20 jaar heeft geen enkele discuswerpster ter wereld verder geworpen, terwijl haar afstand maar op de 78ste plaats aller tijden staat.
Ook bij meer recentere dopinggevallen blijkt Vergouwen enige betrokkenheid te hebben. Zo liep Simon Vroemen tegen de spreekwoordelijke dopinglamp bij het EK in Göteborg. Peter Vergouwen weigerde hem op zijn hotelkamer een infuus te geven, maar kreeg deze een dag later wel van zijn arts Berend Nikkels. De dopingautoriteit verweet de atletiekunie onder andere tegenwerking van het onderzoek (pdf).
Een andere dopingzondaar in zijn stal is de Duitser Dieter Baumann. “In elke medaille die ik heb gewonnen, staat ergens ‘Peter Vergouwen’ gegraveerd” liet de Olympisch kampioen van 1992 op de 5000 meter weten in Trouw. Baumann werd echter gepakt op het gebruik van nandrolon, volgens eigen zeggen doordat er er geknoeid zou zijn met zijn tandpasta. In eigen land werd hij vrijgesproken, maar voor de internationale bond IAAF bleef hij echter geschorst.
In het kader van de dopingbeschuldigingen van de Duitse atletiekbond richting de bekende atletiekmanager Jos Hermens, vanwege de inmiddels veroordeelde atletiektrainer Thomas Springstein, kwam ook naar boven dat Hermens al jarenlang samenwerkt met onder andere Vergouwen en Muller-Wohlfahrt.
Vergouwen is in elk geval een deskunidige op het gebied van doping en epo. Hij heeft medische artikelen geschreven met de titels ‘Hematocriet bij topsporters’ en ‘Doping in sport’ samen met o.a. Professor Jo Marx. Marx verdedigde later de onschuld van Raborenner Erik Dekker bij zijn te hoge hematocriet waarde van 52%.
Vergouwen was ook lange tijd de arts van Olympisch kampioene zevenkamp Denise Lewis. Lewis werd in haar carrière (2003) al gelinkt aan de discutabele oud DDR-arts Ekkart Arbeit. Zelfs IOC president Rogge liet zich negatief uit over Arbeit. Arbeit kwam later nog in nieuws als teamarts van onder andere de Zuid-Afrikaanse man/vrouw Semenya.
Ex-schaatster Ingrid Paul is een van Vergouwens directe collega’s bij Elite Sports Medicine. Paul kwam zelf in opspraak na het omkoopschandaal tijdens de Olympische Spelen van 2006 in Turijn. Paul zou geprobeerd hebben een startplek voor Gretha Smit te kopen van een Poolse schaatsster. De NOC-NSF en KNSB hebben haar tot en met de Olympische Spelen van 2014 geschorst. Zij is ook arts bij het Heerenveense ziekenhuis Tjongerschans, waar ook Westbroek betrokken is.
Momenteel staat de naam van Vergouwen bij de vaste medische begeleiding op de site van de schaatsploeg van TVM, het team van onder andere Sven Kramer en Ireen Wüst.